Verifactu para Shopify: las 3 mejores aplicaciones comparadas

Shopify no cumple por sí solo con Verifactu. Y la solución, como siempre en Shopify, está en su tienda de aplicaciones.

Necesitas una app que convierta automáticamente los pedidos, cambios y devoluciones en las facturas hechas conforme a la normativa Verifactu.

Una app capaz de manejar toda la complejidad de Shopify: la captura del NIF en el checkout, las devoluciones parciales con o sin reembolso de dinero, los cambios de producto, las ventas a Canarias y las ventas intracomunitarias a empresas con NIF-IVA, entre otros casos.

En este artículo repasamos tres de las aplicaciones más relevantes: Finseed, Holded y Quaderno. Todas están disponibles en Shopify App Store, pero responden a necesidades diferentes.

Las 3 mejores aplicaciones Verifactu para Shopify (actualizadas a agosto de 2026)

1. Finseed: Es un software de facturación especializado en e-commerce y Stripe. Sus dos puntos fuertes: gestiona la complejidad de Shopify cuando hay devoluciones parciales, cambios de producto o ajustes monetarios; y permite capturar el NIF/Número de IVA de forma nativa. Es un software de facturación completo, por lo tanto podrás crear facturas fuera de Shopify, sacar reportes y facilitar la información fiscal a tu gestor.

2. Holded: Es un ERP con una integración consolidada para Shopify. Sincroniza ventas, productos, existencias y une la facturación con toda la contabilidad y otras áreas de gestión. Es una opción robusta y testeada; y probablemente tu mejor opción si quieres centralizar toda la gestión contable y de operaciones en una sola plataforma.

3. Quaderno: Es una plataforma de facturación y cumplimiento fiscal internacional. Genera facturas y abonos de Shopify, centraliza informes de IVA, GST e impuestos sobre ventas y avisa de nuevas obligaciones de registro. Es la mejor opción cuando dispones de sedes en varios países, ya que te permite centralizar toda la complejidad fiscal en un único sitio.

Qué debe resolver una aplicación Verifactu para Shopify

Además de los aspectos obvios, aquellos de cumplimiento normativo básico, una aplicación Verifactu para Shopify debe ayudarte haciéndote la vida más fácil.

Verifactu hace que algo tan sencillo como emitir una factura se vuelva operativamente más complicado.

• Gestionar cambios, devoluciones y reembolsos. Shopify registra por separado lo que ocurre con los productos y con el dinero. Puede haber una devolución sin reembolso, una compensación sin devolución de productos, gastos retenidos, reembolsos pendientes o cambios por artículos de distinto precio. La aplicación debe comparar el pedido actualizado con lo que ya se ha facturado y emitir la corrección adecuada, sin duplicar documentos ni utilizar importes provisionales.

• Capturar correctamente el NIF. Shopify no ofrece un único campo para todos los tipos de tienda y cliente. La aplicación debe obtenerlo desde el número de IVA de la UE, Shopify B2B, un metafield o el campo Empresa, según el recorrido de compra.

• Tratar las ventas B2B e internacionales. Una venta a una empresa europea con NIF-IVA validado requiere una factura intracomunitaria. Un envío desde la península a Canarias tiene otro tratamiento fiscal. La aplicación debe identificar cada caso e incluir los impuestos y menciones legales correspondientes.

• Personalizar las facturas. El comercio debe poder adaptar el diseño, los datos visibles y las notas al pie. Algunas menciones son comerciales; otras son necesarias por el tipo de operación y deberían añadirse automáticamente.

Comparativa de funcionalidades

Las tres aplicaciones, analizadas en detalle

1. Finseed

Finseed es un software de facturación completo y especializado en automatizar la facturación de ecommerce y Stripe. En Shopify, convierte los pedidos, cambios y devoluciones en facturas y rectificativas, y permite crear facturas sueltas cuando una venta no procede de la tienda.

Permite elegir si la factura nace al crear el pedido o cuando se cobra. Si el pedido cambia después, compara su estado actual con lo que ya se ha facturado y genera la corrección correspondiente. Cuando un reembolso todavía está pendiente, espera a que el dinero se liquide para evitar documentos provisionales.

Para recoger el NIF utiliza el número de IVA de la UE, Shopify B2B, un metafield propio o el campo Empresa. También trata operaciones con Canarias, ventas intracomunitarias y otras situaciones que requieren una clasificación fiscal o una mención legal específica.

Además, exporta toda la facturación a Excel, incluido el impacto fiscal real de cada documento. Así, el gestor puede preparar las declaraciones sin reconstruir manualmente el efecto de cada factura y rectificativa.

Finseed no sustituye un ERP ni pretende gestionar las obligaciones fiscales de decenas de países. Tiene sentido para una tienda que quiere mantener Shopify como centro de su operativa y resolver la facturación española con una herramienta especializada.

2. Holded

Holded es un ERP que reúne facturación, contabilidad, tesorería, CRM e inventario. Es una opción madura para empresas que quieren llevar Shopify y otras áreas del negocio a una sola plataforma.

Su integración sincroniza ventas, productos, existencias y almacenes. También admite varias tiendas y pedidos procedentes de Shopify POS.

En las correcciones, Holded documenta un recorrido completo para devoluciones y cambios. Una devolución genera una rectificativa; una devolución parcial o un cambio de producto puede conservar la factura original y añadir una rectificativa y una nueva factura con los productos finales. Para reembolsos todavía no liquidados, permite excluir los pedidos sin valor y esperar al procesamiento del pago.

Con Verifactu activo, las facturas importadas desde Shopify se crean siempre en borrador y la aprobación automática no está disponible. Tendrás que revisarlas y aprobarlas, individualmente o en bloque, antes de que reciban numeración y aparezcan en los informes fiscales.

Para capturar el NIF, Holded propone reutilizar el campo Empresa de Shopify. En cuanto al envío a Verifactu, puede trabajar con el certificado digital del comercio o actuar como colaborador social.

Holded tiene especial sentido si quieres aprovechar la adaptación a Verifactu para implantar un ERP. Su mayor valor aparece cuando la facturación de Shopify debe convivir con la contabilidad, el inventario y la gestión diaria de la empresa.

3. Quaderno

Quaderno es una plataforma de facturación y cumplimiento fiscal especializada en impuestos internacionales. Su aplicación está disponible en Shopify App Store desde 2017, por lo que cuenta con la trayectoria más larga de las tres opciones comparadas.

La conexión con Shopify crea una factura cuando el pedido se completa y un abono cuando termina un reembolso. También permite reunir ventas procedentes de Shopify, Amazon y otros canales.

Su principal fortaleza empieza después de emitir esos documentos. Quaderno genera informes de IVA, GST e impuestos sobre ventas, controla las obligaciones fiscales en distintos mercados y avisa cuando el negocio se acerca a un nuevo umbral de registro.

La documentación pública explica el recorrido de un pedido y un reembolso completados, pero no detalla los ajustes monetarios sin devolución, los cambios de producto ni los reembolsos pendientes. Para capturar el NIF, propone dos métodos que requieren modificar el tema y no funcionan con el checkout de una página. Su configuración actual de Verifactu también solicita el certificado digital del comercio.

Quaderno es una opción especialmente buena para tiendas que venden en varios países o canales. Si la fiscalidad internacional concentra la mayor parte del trabajo, sus informes y alertas pueden aportar más valor que una integración centrada exclusivamente en Shopify.

¿Qué aplicación Verifactu para Shopify elegir?

No existe una única aplicación que sea la mejor para todas las tiendas Shopify. La elección depende de cómo gestionas el negocio y de qué esperas resolver además de Verifactu.

Finseed es la opción más especializada si quieres automatizar la facturación de Shopify, incluidas las devoluciones, los cambios posteriores y la captura del NIF. Resuelve ese trabajo sin obligarte a implantar un sistema de gestión más amplio.

Holded es la mejor elección si quieres aprovechar Verifactu para implantar un ERP. Reúne Shopify con la contabilidad, el inventario, los almacenes y otras áreas de gestión, aunque tendrás que revisar y aprobar las facturas antes de emitirlas.

Quaderno destaca cuando vendes en varios países y la fiscalidad internacional concentra buena parte del trabajo. Sus informes de impuestos y alertas sobre nuevas obligaciones de registro aportan un alcance que las otras dos opciones no ofrecen.

¿Qué deberías comprobar antes de elegir?

Pide al proveedor que te muestre estos casos con una tienda de prueba o mediante documentación pública:

• un pedido con NIF capturado desde el checkout y otro procedente de Shopify B2B;
• una devolución parcial con gastos retenidos;
• un reembolso pendiente y los documentos generados antes y después de liquidarse;
• un cambio de producto, tanto por otro del mismo precio como por uno más caro o más barato;
• una venta intracomunitaria B2B y un envío desde la península a Canarias;
• el acceso del cliente a la factura y las opciones de envío;
• la exportación que recibirá tu gestor;
• el coste total para tu volumen real de pedidos.

Compara los documentos resultantes, sus importes y el momento en que se emiten. Una demostración con estos casos aporta más información que una tabla de funcionalidades.

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